PHCbi
遺伝子解析関連装置

遺伝子解析関連機器

シーケンサー

主要テクノロジーのDNBSEQにより、高精度、低アダプター含有率、低重複率、低インデックスホッピングを実現。

特長 超高スループット 広汎性 効率性
アプリケーション 全ゲノムシーケンス、ディープエクソームシーケンス、トランスクリプトームシーケンス、ターゲットパネルプロジェクト。WGS、WES、トランスクリプトームシーケンスなど ターゲットDNA、RNA、微生物シーケンス
フローセルタイプ FC FCL & FCS FCL&FCS
レーン/フローセル++ 1レーン 4レーンと2レーン 1レーン
オペレーションモード 超高スループット 高スループット 中スループット
最大スループット/ラン 6Tb 1,440Gb 150Gb
有効リード数/フローセル 5,000M FCS:550M/FCL:1,500~1,800M 500M/100M
平均稼働時間 24時間~ FCS:17~37時間/FCL:17~109時間 10~40時間
最小リード長 SE50
最大リード長 PE150 PE200/SE400 PE150

推奨アプリケーション

アプリケーションタイプ アプリケーション サンプルタイプ ライブラリ調製 適切なシーケンサー シーケンスと解析 レポート
全ゲノムシーケンス WGS 血液、唾液、gDNA
DNBSEQ-G400、DNBSEQ-T7
全エクソームシーケンス WES 血液、唾液、gDNA
DNBSEQ-G400、DNBSEQ-T7
微生物検出 病原菌高速検出 血液、脳脊髄液、肺胞洗浄液
DNBSEQ-G50
腸内微生物叢 糞便試料
DNBSEQ-G50
微生物検出と耐性分析 血液培養
DNBSEQ-G50
腫瘍 WESトータルソリューション FFPE、組織、血液
DNBSEQ-G400
ホットスポット遺伝子検出 FFPE、組織
DNBSEQ-G50
BRCA1/2検出 血液、唾液、頸部細胞
DNBSEQ-G50
肺癌、ALK、NTRK1、NRG1、RET、ROS1、FGFR3、フュージョン、変異など FFPE、組織
DNBSEQ-G50
植物 分子育種 組織、gDNA
DNBSEQ-G400
植物のWGS 組織、gDNA
DNBSEQ-G400、DNBSEQ-T7
RNA トランスクリプトームシーケンス 組織、細胞、gDNA、RNA
DNBSEQ-G400、DNBSEQ-T7
RNAシーケンス 組織、細胞、gDNA、RNA
DNBSEQ-G400、DNBSEQ-T7
DNBSEQ Technology
DNBSEQ Technology
エラー蓄積の無いDNBとアレイ型チップによる高シグナル出力という特長が,正確な検出に貢献します。データ重複が低く,無駄なデータ算出を避けられることは,特に全ゲノムシーケンスや全エキソンシーケンスのようアプリケーションで有効です。
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MGIシーケンステクノロジーの概要

MGIのDNAシーケンス装置は、DNBSEQ™と呼ばれる最先端のコアテクノロジーを採用しています。DNB(DNAナノボール)は流路に注入された後に、パターンアレイチップにロードされます。そしてシーケンスプライマーが添加され、DNBのアダプター領域にハイブリダイズします。蛍光標識されたdNTPプローブとDNAポリメラーゼを含むシーケンス試薬を注入すると、シーケンス反応が始まります。DNB上の蛍光標識されたプローブがレーザーにより励起された後に、画像を撮影します。その後、MGI独自のソフトウェアを使用して、画像をデジタル信号に変換します。この情報を使用してサンプルのDNA配列を決定します。

DNBSEQ™には、DNBに関連するすべてのシーケンステクノロジーが含まれています。具体的には、一本鎖環状化DNAからのDNB調製テクノロジー、パターンアレイ、DNBのローディング、cPAS(結合的プローブアンカー合成)テクノロジー、DNBのペアエンドシーケンス技術、流路系および画像撮影システム、ベースコールのアルゴリズムなどがあります。cPASテクノロジーは、BGISEQ-50、BGISEQ- 500、DNBSEQ-G50、DNBSEQ-G400、DNBSEQ-T7など、多様なシーケンスプラットフォームで幅広く使用されています。

他の既存シーケンスプラットフォームと比較すると、DNBSEQ™シーケンステクノロジーには「エラー蓄積の無いDNB調製」および「高密度パターンアレイ」の両方の特長があります。これらの特長によりシーケンス精度は劇的に改善され、WGS/WESアプリケーションにおいては重複率が大幅に低減されます。また、PCRフリーのライブラリ調製法と組み合わせれば、DNBSEQ™では他のプラットフォームよりも優れたSNPおよびIndel検出精度を実現できます。さらに、index hoppingの割合も、DNBSEQ™は他のプラットフォームを大きく下回っています。

調製テクノロジー

DNB調製テクノロジーには、DNAの一本鎖環状化とDNB調製が含まれます。
DNAの一本鎖環状化
DNAの一本鎖環状化:末端にアダプター配列を有するdsDNA(二本鎖DNA)を、加熱変性によりssDNA(一本鎖DNA)とします。元のdsDNAの片側の5’末端および3’末端に対する相補的配列オリゴ(splint オリゴ)をハイブリダイズさせることでssDNAの5両端を繋ぎます(環状化)。ニックはDNAリガーゼにより結合され、一本鎖環状DNAライブラリが形成されます。
DNBの形成
DNAナノボールは一本鎖環状DNAライブラリをテンプレートとして、ローリングサークル増幅(RCA)により形成されます。様々なサイズのDNA断片は約100~1,000コピーに増幅されます。

シーケンスチップへのロード前に、DNB濃度はQubit測定により簡単に定量することができます。高額な定量化装置や試薬は必要ありません。ローリングサークル増幅(RCA)の主なメリットとしては、増幅におけるエラー発生率の減少が挙げられます。RCAには忠実度が極めて高いDNAポリメラーゼを使用し、サイクルごとにオリジナルコピーがテンプレートとして使用されます。これにより、DNBが100~1,000コピーに複製される間に、同じ位置で増幅エラーが蓄積することをを回避することができます。さらに、RCAテクノロジーではPCRなどの他の増幅手法で認められるような、エラー、GCバイアス、ドロップアウトの指数関数的な蓄積を避けることができます。これらすべてが、DNBSEQプラットフォームにおけるシーケンス精度の大幅な向上を実現します。